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四川省1株野猪致人感染狂犬病病毒的全基因组序列测定及分析

蒋明凤,钟红荣,李伟,周兴余,冯玉亮

目的 测定1株由野猪致人感染狂犬病病毒的全基因组序列,分析其系统进化和分子特征,了解四川省野生动物携带狂犬病病毒的分子流行病学现状。方法 对2020年收集的1例狂犬病病例唾液标本提取病毒核酸后采用逆转录PCR法合成cDNA,再以特异性引物扩增病毒全基因组序列并测序。利用BioEdit 7.0软件对全基因组核苷酸序列和推测的氨基酸序列进行比对分析,利用Mega 7.0软件进行系统进化分析并绘制种系发生树。结果 获得1条全长为11 881 bp的狂犬病病毒全基因组序列(SCR20-093)。系统进化和同源性分析显示,SCR20-093属于ChinaⅠ型,其与中国目前主要流行株的N基因核苷酸和氨基酸同源性分别为85.2%~99.9%和92.6%~99.7%,其中与四川毒株(SCR13-309)的核苷酸和氨基酸同源性均最高,进化关系最近。在全基因组水平上与国内外重要疫苗株相比,SCR20-093与我国疫苗株CTN-1的亲缘关系最近,同源性最高。重要功能位点分析显示,SCR20-093相较于疫苗株的主要功能位点相对保守,但在N、G基因中存在抗原位点差异。结论 获得1株野猪致人感染狂犬病病毒全基因组序列,为ChinaⅠ型,与四川省常年流行的狂犬病病毒株分型一致。SCR20-093与疫苗株相比,部分抗原位点存在差异,但主要毒力和抗原性未改变。