遂宁市8例本土新型冠状病毒肺炎确诊病例病毒全基因组特征分析
徐佳楠，陈器，刘李，杨慧萍，潘明，周琳琳，冯玉亮
目的 对引起遂宁市本土新型冠状病毒肺炎（COVID-19，简称新冠肺炎）疫情的新型冠状病毒（SARS-CoV-2）进行全基因组测序溯源、分子特征和变异情况分析。方法 对2022年3月31日—4月9日采集的遂宁市新冠肺炎本土疫情8例确诊病例的呼吸道样本提取病毒RNA，采用Illumina测序平台进行病毒全基因组测序，运用CLC Genomics Workbench(Version 20.0)软件进行序列拼接。从NCBI数据库中下载新冠病毒参考序列进行全基因组遗传进化和抗原变异情况分析。应用Nextclade和Pangolin在线病毒分析平台，判定病毒家系及型别，分析病毒的变异位点。应用进化分析软件构建病毒进化树分析病毒的来源和相关性。结果 病例1～8的SARS-CoV-2全基因组序列同武汉参考株（NC＿045512）序列相比，分别有69、68、68、69、70、70、70和70个变异位点，8条SARS-CoV-2全基因组序列均属于BA.2(Omicron)支系，是VOC/Omicron变异株（B.1.1.529进化分支）。病例1与外省部分本土病例SARS-CoV-2序列共享全部68个变异位点，新增加1个变异位点（A27898T）。本起疫情的全部8例病例均出现A27898T变异位点。病例1出现了C14724T变异位点，属于杂合突变，比例仅为19.75%；随后在病例2～8中均出现C14724T变异位点，杂合突变比例逐渐增高，病例7和病例8的C14724T变异位点，突变比例达到100.00%。病例3和病例4出现了A15002G变异位点，但突变比例仅为7.90%和50.00%，但在病例8中，A15002G变异位点的突变比例为100.00%。病例8出现C16915T变异位点，突变比例为73.30%，这个变异位点是首次在本起疫情中出现。进化分析结果显示：遂宁市本起疫情的全部8例病例均属于同一传播链，位于同一进化分支。结论 遂宁市本起疫情的全部8例病例SARS-CoV-2基因序列溯源结果提示来源于外省新冠肺炎病例持续传播地区。常态化疫情防控期间应持续加强四川省本土和境外输入型新冠肺炎病例的病毒分子动态实时监测。
期数：2023,39(1)
页码：113-118
关键字：新型冠状病毒;基因组序列;分子特征;
出版日期：2023-02-01
